USFBiH ostvaruje svoje aktivnosti kroz sekcije.
Broj sekcija i njihovu aktivnost utvrđuje Predsjedništvo s osnovnim zadatkom unaprjeđenja naučno-istraživačkog i stručnog rada iz oblasti stomatologije. Sekcije imaju predsjednika, generalnog sekretara i Kolegij članstva. Predsjednik sekcije rukovodi kolegijem.
Sekcije u okviru USFBiH su sljedeće:
SEKCIJA ZA ORALNU HIRURGIJU
predsjednik sekcije: mr. sci. dr. Amer Bukvić
e-mail: dr.amer.bukvic@gmail.com
SEKCIJA ZA PREVENTIVNU I DJEČIJU STOMATOLOGIJU I JAVNO ORALNO ZDRAVLJE
predsjednik sekcije: mr.sc. Damir Duratbegović
e-mail: spusfbih@gmail.com
SEKCIJA ZA STOMATOLOŠKU PROTETIKU
predsjednik sekcije: prof. dr. Sead Redžepagić
e-mail: sead.redzepagic@gmail.com
ORTODONTSKO DRUŠTVO FBiH
predsjednik sekcije: prof. dr. Enita Nakaš
e-mail: enitta@gmail.com
SEKCIJA ZA PARODONTOLOGIJU I ORALNU MEDICINU
predsjednik sekcije: prof. dr. Enes Pašić
e-mail: cisapsene@gmail.com
ENDODONTSKA SEKCIJA
predsjednik sekcije: prof. dr. Selma Zukić
e-mail: szukic@sf.unsa.ba